در مدينه نيز ملازم پيغمبر اكرم (ص) بود و آن حضرت در هيچ خلوت و جلوتي علي را كنار نزد و يگانه دختر محبوبه خود فاطمه را به وي تزويج نمود و در موقعي كه ميان اصحاب خود عقد اخوت مي بست، او را برادر خود قرار داد.علي در همه ي جنگها كه پيغمبر اكرم (ص) شركت فرموده حاضر شده به جز جنگ تبوك كه آن حضرت او را در مدينه به جاي خود نشانيده بودودر هيچ جنگي پاي به عقب نگذاشت واز هيچ حريفي روي نگردانيد و در هيچ امري مخالفت پيغمبر اكرم نكرد و چنانكه آن حضرت فرمودند: هرگز علي از حق و حق از علي جدا نميشوند.حضرت علي (ع) روز رحلت پيغمبر اكرم سي و سه سال داشت و با اينكه در همه ي فضائل ديني سر آمد و در ميان اصحاب پيغمبر ممتاز بود،به عنوا ن اينكه وي جوان است و مردم به واسطه ي خونهايي كه در جنگها پيشاپيش پييغمبر اكرم (ص) ريخته اند با وي دشمنند و از خلافت كنارش زدند و باين ترتيب دست آن حضرت از شئونات اسلامي و عمومي به كلي قطع شد، وي نيز گوشه ي خانه گرفته به تربيت افراد پرداخت و بيست و پنج سال كه زمان سه خليفه پس از رحلت پيغمبر اكرم (ص) بود گذرانيد و پس از كشته شدن خليفه سوم مردم با آن حضرت بيعت نموده و به خلافتش برگزيدند.آن حضرت در خلافت خود كه چهار سال و نه ماه طول كشيد سيرت پيغمبر اكرم را داشت و به خلافت خود صورت نهضت و انقلاب داده و به اصلاحات پرداخته و البته اين اصلاحات به ضرر برخي از سود جويان تمام مي شود،از اين رو عده اي از صحابه كه پيشاپيش آنها ام المومنين (عايشه) و «طلحه» و«زبير»و« معاويه» بود، خون خليفه ي سوم را دستاويز قرارداده و سر به مخالفت برافراشتند و بناي شورش و آشوبگري گذاشتند.
آن حضرت براي خوابانيدن فتنه جنگي با ام المومنين عايشه وطلحه و زبير در نزديكي بصره كردكه به جنگ جمل معروف است وجنگي ديگر با معاويه در مرز عراق و شام كرد كه به جنگ صفين معروف شد ويك سال و نيم ادامه يافت وجنگي ديگر با خوارج در نهروان كرد كه به جنگ نهروان معروف است. به اين ترتيب بيشتر مساعي آنحضرت در ايام خلافت خود صرف رفع اختلاف داخلي بوده و پس از كمي صبح روز نوزدهم ماه رمضان سال چهلم هجري در مسجد كوفه در سر نماز به دست بعضي از خوارج ضربتي خورده و در شب بيست و يكم ماه رمضان شهيد شد. امير المومنين علي (ع) به شهادت تاريخ واعتراف دوست و دشمن در كمالات انساني نقيصه اي نداشته و در فضائل اسلامي نمونه ي كاملي از تربيت پيغمبر اكرم (ص ) بوده است. بحثهايي كه در اطراف شخصيت او شده وكتابهايي كه در اين باره شيعه و سني و ساير مطلعين وكنجكاوان نوشته اند در باره ي هيچيك از شخصيتهاي تاريخ اتفاق نيفتاده است. علي (ع) در علم و دانش داناترين ياران پيغمبر اكرم (ص) و ساير اهل اسلام بود و نخستين كسي است كه در اسلام در بيانات علمي خود در استدلال آزاد و برهان را باز كرد و در معارف الهيه بحث فلسفي نمود و در باطن قرآن سخن گفت و براي نگه داري لفظش دستور زبان عربي را وضع نمود و تواناترين عرب بود در سخنراني ، علي ( ع) در شجاعت ضرب المثل بود ودر آن همه جنگ كه در زمان پيغمبر اكرم (ص) و پس ا ز آن شركت كرد هرگز ترس و اضطراب از خود نشان نداد و با اينكه بارها ضمن حوادثي مانند جنگ احد و جنگ حنين و جنگ خيبر و جنگ خندق ياران پيغمبر اكرم (ص) و لشگريان اسلام لرزيدند و يا پراكنده شده فرار نمودند.وي هرگز پشت به دشمن نكرد و هرگز نشده كسي از ابطال و مردان جنگي با وي در آويزدو جان به سلامت برد و در عين حال با كمال توانايي ناتواني را نميكشت و فراري را دنبال نمي كرد و شبيخون نمي زد و آب بر روي دشمن نمي بست.
از مسلمات تاريخ است كه آن حضرت در جنگ خيبر و در حمله اي كه به قلعه نمود دست به حلقه در رسانيده با تكاني در قلعه را كنده به دور انداخت و همچنين روز فتح مكه كه پيغمبر اكرم(ص) امر به شكستن بتها نمود، بت (هبل) كه بزرگترين بتهاي مكه و مجسمه عظيم الحبثه اي از سنگ بود كه بر بالاي كعبه نصب كرده بودند و علي (ع) به امر پيغمبر اكرم (ص) پاي روي دوش آن حضرت گذاشته و بالاي كعبه رفت و(هبل را) از جاي خود كنده و پايين انداخت. علي (ع) در تقواي ديني و عبادت حق نيز يگانه بود و پيغمبر اكرم (ص) در پاسخ كساني كه نزد وي از تندي علي (ع) گله مي كردند مي فرمايند: ( علي را سرزنش نكنيد زيرا وي شيفته ي خداوند است. ابودردا صحابي جسد آن حضرت را در يكي از نخلستانها ي مدينه ديد كه مانند چوب خشك شده افتاده است، براي اطلاع به خانه آن حضرت آمد و به همسر گرامي وي كه دختر پيغمبر اكرم (ص) بود،در گذشت همسرش را تسليت گفت. دختر پيغمبر فرمود : پسر عم من نمرده است بلكه در عبادت از خوف خدا غش نموده است و اينحال براي وي بسيار اتفاق ميافتد.
علي (ع ) در مهرباني به زير دستان و دلسوزي به بينوايان و بيچارگا ن وكرم وسخا به فقرا و مستمندان قصص وحكايات بسيار دارد.آ ن حضرت هرچه را به دستش مي رسيد در راه خدا به مستمندان و بيچارگان مي داد و خود با سخت ترين و ساده ترين وضعي زندگي مي كرد.آن حضرت كشاورزي را خيلي دوست مي داشت وغا لباً با استخراج قنوات و درخت كاري و آباد كردن زمينهاي باير مي پر داخت ولي از اين راه هر ملكي را كه آباد مي كرد و يا هر قناتي را كه بيرون مي آو رد وقف فقرا مي فرمود و او قاف آن حضرت كه به صدقات علي معروف بود، در اواخر عهد وي عوائد ساليانه قابل توجهي ( بيست و چهار هزار دينار طلا ) داشت.
خواص سنگها